Miasto No. 6 to najdoskonalsze, najbardziej nowoczesne miasto, jakie ludzkość była w stanie stworzyć. Jego mieszkańcy żyją w szczęściu i luksusie, mając dostęp do najlepszej opieki medycznej i technologicznych nowinek. Prawdziwa utopia. Ale czy na pewno? Bezpieczeństwo mieszkańców gwarantują rządzące wszystkim reguły i ograniczenia. Kto zaś nie zechce się do nich dostosować, staje się wrogiem miasta.

Bohaterem tej historii jest Shion, należący do elity, inteligentny chłopak, który podświadomie czuje, że świat, w którym żyje, daleki jest od doskonałości. Więc kiedy w pewną burzliwą, deszczową noc w jego pokoju zjawia się niespodziewanie poszukiwany listem gończym chłopak, ten zamiast wydać go władzom, udziela mu schronienia. Choć następnego ranka, po tajemniczym gościu nie było nawet śladu, Shion za pomoc przestępcy zostaje pozbawiony wszelkich przywilejów i pozostaje pod obserwacją władz.

Po latach w mieście zaczyna dochodzić do tajemniczych zgonów, a wszystko wskazuje na to, że ma z tym coś wspólnego obecność uciekiniera, któremu Shion niegdyś pomógł. Gdy podejrzenia padają na bohatera, nie ma on już wyboru. Musi stawić czoła systemowi albo dać się zabić.